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女巢囊肿可以通过多种检查手段来确诊，主要括以下几种：

1. 体格检查：医生会通过触摸腹部来检查是否有块，并评估块的大小、位置、活动度以及是否有压痛感等。

2. 影像学检查：

B超检查：特是盆腔B超，能清晰地观察囊肿的位置、大小、形态等信息，是检查巢囊肿的方法。

CT或MRI：能更准确地鉴囊肿的质，括有无癌变、转移等异常情况。

. 腹腔镜检查：腹腔镜能够直观地观察整个盆腔和腹腔，对疑似的组织切片进行诊断，是确诊巢囊肿的重要手段。

4. 病理检查：如果上述检查不能明确诊断，可能需要进行病理检查，如活检，以明确病变类型。

5. 实验室检查：如血液检查，可以检测血液中的肿瘤标志物，如CA125、CA19-9等，这些标志物在巢囊肿患者中可能会升高。

关于巢囊肿是否能自然怀孕的问题，这主要取决于囊肿的大小、类型、症状以及女的整体生殖健康状况。一般来说，较小的、生理的巢囊肿通常不会对怀孕产生明显影响，女仍有很大机会自然受孕并顺利妊娠。然而，如果囊肿较大、质复杂，或者出现一些特殊情况(如扭转、破裂等)，可能会对怀孕造成一定阻碍。例如，较大的囊肿可能会压迫巢组织，影响泡发育和排，从而降低受孕概率。

因此，女有巢囊肿后能否怀孕不能一概而论。建议有巢囊肿的女及时就医，进行详细的检查和评估。医生会根据具体情况个化的建议和治疗方案，以帮助女更好地实现生育愿望或保障身体健康。如果囊肿较大或存在恶转化风险，可能需要在医生指导下通过手术等方式进行治疗后再尝试受孕。