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巢囊肿是一种常见的妇科疾病，其检查方法主要括以下几种：

1. 超声检查：尤其是腹部彩超，这是常用的检查方法。高频超声波可以显示巢和囊肿的大小、形态、位置等，有助于判断囊肿的质和类型。

2. 血液检查：通过检测肿瘤标志物，如CA125、HE4等，有助于巢癌的早期发现和诊断。

. 盆腔CT或MRI：对于较大的巢囊肿或需要进一步了解囊肿与周围组织的关系时，可以考虑进行盆腔CT或MRI检查。

4. 腹腔镜检查：这是一种有创检查方法，可以直接观察巢囊肿的情况，并可以进行组织活检，有助于明确诊断。

至于巢囊肿是否能自然怀孕，这主要取决于囊肿的大小、质以及位置。

如果囊肿较小，且为生理囊肿(如滤泡囊肿和黄体囊肿)，通常不会对怀孕产生明显影响，甚至可能在一段时间后自行消失，因此可以自然怀孕。

然而，如果囊肿较大，尤其是病理囊肿(如炎症巢囊肿或巧克力囊肿)，可能会影响巢和输管的正常位置，从而干扰子的排出、拾取以及受的运行，导致受孕困难甚至不孕。此外，有些囊肿还可能影响巢的内分泌功能，导致激素水平失衡，进而影响排和子宫内膜的生长，不利于胚胎着床和发育。

因此，对于怀疑有巢囊肿的女，建议及时就医进行详细的评估和诊断。如果确诊为病理的巢囊肿，并且囊肿较大或有不适症状，建议在医生的指导下进行治疗，并在治疗后再考虑怀孕，以确保母婴健康。

请注意，以上信息仅参考，并不能替代专业医疗建议。如有需要，请咨询专业医生。