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出生缺陷是准爸爸、准妈妈关心的问题。2005年美国科学家做了项研究，比较了1500名用三代试管婴儿技术出生的婴儿、340名用人工授技术出生的婴儿和8400名自然受孕婴儿的出生缺陷发生率，发现三者的缺陷率分为6.2%、5.0%和4.4%。三代试管婴儿出生缺陷率略高的原因，是用三代试管婴儿助怀孕的女普遍存在着年龄偏大、原发疾病多等不利因素，这都会影响胚胎、胎儿发育，相应地增加了婴儿遗传缺陷。

除了上述研究以外，目前关于三代试管婴儿的出生缺陷率报道不一，对于三代试管婴儿是否会增加出生缺陷也存在很大争议。第二代三代试管婴儿技术(即胞浆内单子注射技术)是将子注射入子，许多人担心容易损伤子，引起孩子发育异常，但大多数研究未发现该技术导致出生缺陷增加。该技术应用的早期仅有个文报道，应用第二代三代试管婴儿技术出生的婴儿睾丸不降比率略有增加，但是该病通过小手术就能解决。近年来人们逐渐认识到体外培养对胚胎的基因后成修饰的影响，一些罕见的印记基因疾病如伯一韦综合征、安琪儿综合征与三代试管婴儿技术相关，但是这些印记基因疾病总的发生率小于1/12000，概率非常低。

在某些方面，三代试管婴儿甚至会减少遗传病的发生，比如通过用第三代试管婴儿技术—胚胎种植前遗传学诊断或查，可以避免多种遗传疾病，譬如地中海贫血等的发生，这是自然受孕无法做到的。