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巧克力囊肿大多数情况都是由子宫内膜异位引起的，若病情比较轻微且没有影响到输管和巢功能，这种情况都不会有太大影响，如果病情相对比较严重，可能还会产生腹腔粘连，导致输管堵塞不能正常排，自然也无法怀孕。

三代试管婴儿目前已发展到第三代技术，多种妇科疾病导致的不孕不育都可以通过该技术进行助怀孕，而在三代试管婴儿过程中，会对女进行促排治疗，从而避免了女不能排的情况，并将女的子取出和子授，培育成胚胎后再移植回女宫腔内，所以巧克力囊肿也是可以通过三代试管婴儿来助怀孕的。